Tháng 12 năm 1840, Livingstone đi tàu đến Kuruman, và đặt chân đến cơ sở truyền giáo của Moffat (nay thuộc Nam Phi) vào tháng 7 năm 1841. Đến nơi, Livingstone thất vọng khi thấy ngôi làng quá nhỏ và số tín hữu quá ít sau những nỗ lực kéo dài suốt 20 năm của Moffat. Chỉ có khoảng 40 người chịu lễ báp têm và một giáo đoàn khoảng 350 người. Livingstone tiến xa hơn về hướng bắc, một khu vực thường xuyên bị nhũng nhiễu bởi những thương nhân, thợ săn, và dân định cư Afrikaner.[9]

Năm 1844, khi đang thiết lập cơ sở truyền giáo mới tại Mabotswa cho sắc dân Kgatla, Livingstone bị sư tử tấn công, nếu không nhờ một giáo viên người Phi tên Mebalwe giải cứu, có lẽ ông đã bị mất mạng. Cả hai đều bị thương nặng. Một cánh tay của Livingstone bị liệt một phần, và ông phải chịu đau đớn do vết thương gây ra cho đến cuối đời.[5]

Tháng 12 năm 1843, Robert Moffat cùng gia đình đến Kuruman, sau đó là hôn lễ của Livingstone với Mary, trưởng nữ của Moffat, tổ chức vào ngày 2 tháng 2 năm 1845. Mary là người Scotland nhưng sống ở châu Phi từ khi mới lên bốn. Livingstone dời đến một cơ sở truyền giáo tiền phương tại Chonuane sống giữa bộ tộc Kwena của tù trưởng Sechele. Do hạn hán, năm 1847, ông theo bộ tộc Kwena di chuyển đến Kolobeng. Mary cùng đi với Livingstone trong một thời gian ngắn dù đang mang thai.[5] Tháng 5 năm 1847, Mary sinh con gái đầu lòng Agnes, và mở một trường dạy trẻ, trong khi Livingstone phân tích ngữ văn tiếng Setswana mà ông đã thông thạo. Tù trưởng Sechele là người đầu tiên đến với đức tin Cơ Đốc. Livingstone luôn nhấn mạnh đến tầm quan trọng của sự thông hiểu về tập quán và tín ngưỡng của người dân địa phương, cũng như khuyến khích người châu Phi tham gia tích cực vào việc truyền bá phúc âm, dù ông không gặt hái nhiều thành quả trong lĩnh vực này, mà thấy mình thích hợp hơn với việc đào tạo các nhà truyền giáo.[6]